El proyecto reconoce cuatro etapas previas durante las cuales se realizaron estudios básicos sobre la calidad de agua del Río Uruguay evaluando los impactos de las ciudades ribereñas de Concepción del Uruguay, Paysandú, Colón, Concordia y Salto, en el embalse de Salto Grande y sobre la cuenca del Arroyo El Pelado afluente al río Uruguay, así como en el Río Gualeguaychú a lo largo del cauce y en los alrededores de la ciudad homónima.